עלי פאשא נולד בעיר טפלנה בדרום אלבניה של ימינו, לאחר הירצחו של אביו ב-1758, החלה המשפחה, בעידוד אמו של עלי, לעסוק בשוד דרכים. עלי היה לשודד דרכים שהטיל אימה על האזור, והוא צד את עיניהם של השלטונות העות'מאניים. ב-1768 נישא לבתו של הפאשא של דלווינה, והשניים היו לבני ברית.
מעמדו של עלי באימפריה העות'מאנית התחזק בהדרגה, וב-1787 העניק לו הסולטאן אבדילהמיט הראשון את פשאליק טריקלה, כהוקרה על תמיכתו בו במלחמתו באוסטרים. ב-1788 השתלט על יואנינה, שהייתה למקום מושבו, ובהמשך ניצל את חולשתה של האימפריה העות'מאנית באותה עת, כדי להשתלט על שטחים נוספים באלבניה, במערב יוון ובפלופונסוס.
כפאשא של יואנינה, הנהיג עלי פאשא מדיניות עצמאית, שלא תמיד תאמה את רצונותיה של האימפריה העות'מאנית, אך שירתה היטב את האינטרסים שלו. כדי שיהיה לו נמל בטוח בחוף האלבני כרת עלי פאשא ברית עם נפוליאון בונפרטה, וזה מינה את פרנסואה פוקוויל לקונסול ביואנינה. לאחר חתימת חוזה טילזיט ב-1807, בו כרתו הצרפתים ברית עם רוסיה, החליף את בני בריתו וחבר לבריטים.
עלי נודע גם באכזריותו כלפי אויביו ומתנגדיו. ב-1788 החריב לחלוטין את העיר הארומנית מוסקופולה. בעיר זו, שהייתה מהגדולות והמשגשגות בבלקן, התגוררו כ-60 אלף תושבים, ומאז חורבנה לא התאוששה. ב-1798 כבש את העיר פרווזה מידי הצרפתים, ולאחר מכן טבח בתושבי העיר כנקמה על התנגדותם לו. בסביבות אותה שנה הורה על הוצאתם להורג של 739 תושבי הכפרים גארדיץ' והורמובה, שאבותיהם תקפו את אמו 40 שנה קודם לכן. ב-1808 הוציא להורג לעיני כול את השודד היווני אנטוניס קטסנטוניס, באמצעות ריסוק עצמותיו בפטיש. נערות יווניות ביואנינה הואשמו באקראי בניאוף, והושלכו בתוך שק לאגם יואנינה.
הלורד ביירון, שביקר בארמונו של עלי פאשא ב-1809, התרשם מעושרו, מנדיבותו ומהכנסת האורחים שלו, אך גם תיאר אותו כ"עריץ חסר רחמים, שאחראי למעשים אכזריים ונוראים", וציין כי הוא "ברברי כשם שהוא לוחם מצליח"[1].
הסולאטן התורכי החליט בעקבות אי הסדרים לפיהם התנהל עלי פאשא,לחסלו.בינואר 1822, הצליחו שני סוכנים עות'מאניים להגיע לעלי פאשא, שהסתתר במנזר על האי שבאגם יואנינה. עלי סירב להיכנע, באומרו כי "ראשו לא ייכנע כראשו של עבד", אך לבסוף נורה למוות וראשו נשלח לסולטאן. הוא נקבר במאוזוליאום שהוקם בסמוך למסגד של יואנינה.